Tonnagebeskattning utgör en frivillig beskattningsmetod som är tilllämplig för företag som bedriver så kallad kvalificerad rederiverksamhet. Tonnagebeskattning skiljer sig från konventionell beskattning då skatten räknas fram schablonmässigt och baseras på verksamhetens last- eller passagerarkapacitet, oberoende av företagets inkomster och utgifter. Genom att kvalificerade företag ges möjlighet att tonnagebeskattas är lagstiftarens ambition att Sveriges attraktionskraft som sjöfartsnation ska öka.
Med hänsyn till att systemet är frivilligt ska företag som önskar tonnagebeskattas ansöka om godkännande hos Skatteverket. När ett företag väl är inne i tonnagebeskattningssystemet är möjligheterna att lämna begränsade. För att kunna godkännas av Skatteverket och därmed kunna tillämpa tonnagebeskattning måste ett antal kriterier vara uppfyllda.
Det uppställs inga krav på att den skattskyldige ska vara organiserad i någon särskild bolagsform för att tonnagebeskattning ska kunna ske. Så länge alla villkor är uppfyllda kan företaget tonnagebeskattas, oavsett associationsform. En ansökan om tonnagebeskattning ska ha inkommit till Skatteverket senast fem månader före ingången av det första beskattningsår som ansökan avser.
Utgångspunkten är att en verksamhet som ägnar sig åt sjötransport kan tillämpa systemet. Med sjötransport menas transport av gods eller passagerare till sjöss. Verksamheter som är nödvändiga för eller är nära anknutna till sådan transport och som dessutom ingår i ersättningen för transporten kan också omfattas. Exempel på sådan verksamhet är lastning och lossning av gods i hamnområdet och transport av passagerare i hamnområdet. Även transporter som bedrivs utanför hamnområdet kan i vissa fall omfattas av tonnagebeskattning. En förutsättning i dessa fall är att det rör sig om transport som ingår i ersättningen för en sjötransport och att den som har köpt transporttjänsten har gjort det till ett marknadsmässigt pris av ett annat företag. En sådan situation kan illustreras av ett rederi som köper en transporttjänst av ett bussbolag för att transportera passagerare till sitt fartyg.
Uthyrning av fartyg kan också omfattas av tonnagebeskattning. Beroende på om fartyget hyrs ut med eller utan besättning gäller olika krav. Om fartyget hyrs ut med besättning är det tillräckligt att fartyget klassas som ett kvalificerat fartyg. Om fartyg hyrs ut utan besättning krävs, utöver kravet på kvalificerat fartyg, att uthyrning sker under högst tre år under en tioårsperiod och att uthyrt tonnage svarar för högst 20 procent av den sammanlagda bruttodräktigheten för de kvalificerade fartyg som ingår i verksamheten. Tonnagebeskattning kan även tillämpas på vissa verksamheter som bedrivs ombord på kvalificerade fartyg. De verksamheter som omfattas är uthyrning av lokaler, restaurangverksamhet, enklare underhållning som ingår i ersättningen för sjötransporten samt försäljning av varor för konsumtion ombord.
En förutsättning för att en verksamhet ska anses utgöra sjötransport är att transporten i fråga bedrivs med ett kvalificerat fartyg.
Ett fartyg är kvalificerat om följande villkor är uppfyllda:
För att en rederiverksamhet ska anses kvalificerad måste också följande villkor vara uppfyllda för de kvalificerade fartyg som ingår i verksamheten:
Om ett företag som bedriver kvalificerad rederiverksamhet ansöker om godkännande för tonnagebeskattning och företaget ingår i en koncern, måste även andra företag i koncernen som bedriver kvalificerad rederiverksamhet ansöka. Inkomsten ska beräknas för varje enskilt fartyg i verksamheten och summan av dessa inkomster utgör den totala tonnageinkomsten. Från denna inkomst får inga avdrag göras. Tonnageinkomsten beskattas därefter med den allmänna bolagsskattesatsen, för närvarande 22 procent.
Det är viktigt att påpeka att tonnageskatteberäkningen endast gäller för kvalificerad rederiverksamhet. I den mån företaget även bedriver verksamhet som inte utgör kvalificerad verksamhet ska denna beskattas enligt det konventionella beskattningssystemet. Ett företag som bedriver såväl kvalificerad som okvalificerad verksamhet anses bedriva blandad verksamhet. Vid blandad verksamhet ska tillgångar och förpliktelser som utgångspunkt hänföras till den verksamhetsgren de tillhör. Realisationsvinster till följd av försäljning av kvalificerat fartyg omfattas av tonnageskattesystemet. Om ett fartyg säljs med vinst kommer vinsten således inte öka den beskattningsbara inkomsten.
Om ett företag vid tidpunkten för inträdet i tonnagebeskattningen har gjort överavskrivningar på inventarier som ska tonnagebeskattas, ska ett så kallat skillnadsbelopp beräknas. Skillnadsbeloppet motsvaras av överavskrivningarna, det vill säga, skillnaden mellan bokfört och skattemässigt värde på inventarier. Skillnadsbeloppet ska tas upp som intäkt det första tonnagebeskattade året, men avdrag får göras med samma belopp, förutsatt att en motsvarande avsättning till en så kallad överavskrivningsfond görs i räkenskaperna. Avsättningen ska därefter tas fram till beskattning med minst 25 procent vart femte år efter tonnagebeskattningsinträdet, om företaget inte ökat sitt tonnage på visst sätt. Hanteringen påminner om den som gäller för periodiseringsfonder. Ett företag som har gjort avsättning till överavskrivningsfond ska ta upp en schablonintäkt som beskattas med vanlig bolagsskatt. Schablonintäkten är 1,67 procent av fondens värde vid ingången av beskattningsåret.
När Skatteverket väl godkänt en ansökan om tonnagebeskattning har företaget inledningsvis begränsade möjligheter att återgå till det konventionella skattesystemet. Om den skattskyldige önskar lämna systemet kan detta som huvudregel ske tidigast efter tio beskattningsår. Ett företag som har lämnat tonnageskattesystemet måste vänta tio år innan det kan inträda i systemet på nytt. Ett förtida utträde kan resultera i straffavgifter.
Sjöfartsstödet innebär att arbetsgivare som har anställda sjömän ombord på fartyg i vissa fall har rätt till ekonomiskt stöd. Sjöfartsstöd lämnas månadsvis med ett belopp som motsvarar det skatteavdrag som arbetsgivaren gjort på så kallade sjöinkomster samt kostnader för arbetsgivaravgifter och allmänna löneavgifter på dessa inkomster.
Stödet utbetalas genom att beloppet krediteras på arbetsgivarens skattekonto. Vad som är sjöinkomst definieras i den svenska inkomstskattelagen. Förenklat är sjöinkomst sådan lön som beskattas i Sverige och som betalas ut till sjöman som arbetar på ett EES-handelsfartyg och som går i annan trafik än sådan trafik inom landet som till övervägande del sker i hamnar eller på floder, kanaler, insjöar, inomskärs vid kusterna eller vid Kalmarsund (så kallad inre fart).
Sjöfartsstöd lämnas inte per automatik till de verksamheter som är stödberättigade, varför den som önskar erhålla stöd måste ansöka om detta.
För att vara stödberättigad ställs inga krav på att verksamheten är organiserad i någon särskild bolagsform. Därmed kan både fysiska och juridiska personer samt partrederier erhålla sjöfartsstöd. En grundförutsättning för att vara stödberättigad är att företaget måste ha eller ha haft sjömän anställda för arbete ombord på ett svenskregistrerat fartyg. Därutöver uppställs som utgångspunkt följande krav: